農村危房改造認定程序是先確認身份信息，後鑒定危房等級。住房城鄉建設部門是依據鄉村振興、民政部門提供的農村低收入群體等六類重點對象名單，再組織開展住房安全性鑒定（評定），對經鑒定（評定）住房確屬C級、D級的農戶或無房戶列為年度農村危房改造對象。

對於已實施過農村危房改造但由於小型自然災害等原因又變成危房且農戶符合條件的，有條件的地區可將其再次納入支持範圍，但已納入村民住房災後恢複重建或農房抗震改造補助範圍的，不得重複享受農村危房改造補助。